Al igual que con los otros episodios, los sucesos no fueron espontáneos sino planeados con anterioridad, y los últimos detalles de la planeación ocurrieron el 19 de julio en el Observatorio Astronómico.
El plan de los rebeldes era aprovechar la pronta llegada del Comisionado Regio Antonio Villavicencio a Santa Fe, para que, con el pretexto de un homenaje, hacer relucir las diferencias entre los chapetones (como se les llamaba a los nacidos en España) y los criollos y formar una reyerta en medio del día de mercado. En medio de la reyerta se arengó al pueblo a exigir cabildo abierto, el cual fue utilizado para deponer a la Real Audiencia y crear una nueva Junta de Gobierno.
Las milicias en Santa Fe estaban comandadas por Antonio Baraya quien se encargó de neutralizar a las unidades más realistas y permitir que los sublevados tomaran el poder sobre las autoridades nombradas desde España.
Al igual que las otras juntas, la de Santa Fe juró lealtad a Fernando VII. Adicionalmente nombró como presidente al, hasta entonces Virrey, Antonio Amar y Borbón, constituyéndose esta última en la menos popular de las medidas. Finalmente el 25 de julio, se despojó a Amar y Borbón de sus privilegios y se le arrestó.
LOS PRIMEROS ENFRENTAMIENTOS BELICOS
Hacia el 20 de julio no todas las provincias españolas en el virreinato de Nueva Granada reconocieron el poder de las nuevas juntas, y en muchas de ellas, incluyendo la propia junta de Santa Fe, había serios enfrentamientos entre las facciones que querían un rompimiento más radical con España y aquellas que sólo buscaban algo más de autonomía política.
La principal amenaza provenía de Popayán sobre el Valle del Cauca (Cali) y Santa Fe envió un ejército para proteger a Cali y liberar a Popayán.
